За остварување на своите активности, Економскиот институт е организиран во два сектора и тоа:

- Сектор за научно-истражувачка и образовна дејност и

- Сектор за општи и административни работи.

Орган на управување на Институтот е Советот на институтот. Со Институтот раководи директор, со надлежности утврдени во закон и со статут. Наставно-научниот колегиум е научно-стручно тело кое се занимава со работи поврзани со образовната дејност (постдипломските студии). За издавачката дејност се грижи Редакциски одбор на Институтот.